تولى أحمد بن طولون حكم مصر في فترة الخلافة العباسية وتم تعيينه من قبل الخليفة العباسي .
أنشأ أحمد المسجد الجامع وإن كان ثالث الجوامع التي أنشئت بمصر ، إلا أنه يعتبر أقدم جامع احتفظ بتخطيطه وكثير من تفاصيله المعمارية الأصلية ، حيث إن أول هذه الجوامع هو جامع عمرو الذي بنى سنة 21 هجرية / 642 م ولم يبق أثر من بنائه القديم ، كما أن ثانيهما هو جامع العسكر الذي بنى في سنة 169 هجرية / 785 م قد زال مع انتهاء العسكر .
أتم أحمد بن طولون بناء قصره عند سفح المقطم وأنشأ الميدان أمامه ، وبعد أن انتهى من تأسيس مدينة القطائع شيد جامعه على جبل يشكر فبدأ في بنائه سنة 263 هجرية وأتمه في الثاني عشر من شهر رمضان 265 هـ / 879 م وهذا التاريخ مدون على لوح رخامى مثبت على أحد أكتاف رواق القبلة ، وأنفق أحمد بن طولون 120 ألف دينار في بنائه .
ويعد مسجد ابن طولون المسجد الوحيد بمصر الذي غلب عليه طراز سامراء حيث المئذنة الملوية المدرجة ، وقام السلطان بإدخال بعض الإصلاحات فيه وعين لذلك مجموعة من الصناع كما أمر بصناعة ساعة فيه ، فجعلت قبة فيها طيقان صغيرة على عدد ساعات الليل والنهار وفتحة ، فإذا مرت ساعة انغلقت الطاقة التي هي لتلك الساعة وهكذا ثم تعود كل مرة ثانية .
وفي عهد الأيوبيين أصبح جامع ابن طولون جامعة تدرس فيه المذاهب الفقهية الأربعة ، وكذلك الحديث والطب إلى جانب تعليم الأيتام .
وتمت الإصلاحات في هذا الجامع عدة مرات كما امتدت إليه يد التدمير والخراب في فترات من عصوره المختلفة ، شأنه في ذلك شأن كثير من المساجد الأخرى .
ويبلغ طول الجامع 138 متراً وعرضه 118 متراً تقريباً يحيط به من ثلاث جهات - البحرية والغربية والقبلية - ثلاث زيادات عرض كل منها 19 متراً ويكون الجامع مع هذه الزيادات مربعاً طول ضلعه 162 متراً على وجه التقريب من صحن مكشوف مربع طول ضلعه 92 متراً يتوسطه قبة محمولة على رقبة مثمنة ترتكز على قاعدة مربعة بها أربع فتحات معقودة وبوسطها حوض للوضوء ويوجد سلم داخل سمك حائطها البحرية يصعد منه إلى منسوب الرقبة .
ويحيط بالصحن أربعة أروقة أكبرها رواق القبلة ويشتمل على خمسة صفوف من العقود المدببة المحمولة على أكتاف مستطيلة القطاع استديرت أركانها على شكل أعمدة ملتصقة ويشمل كل من الأروقة الثلاثة الأخرى على صفين فقط .
ويغطى الأروقة الأربعة سقف من الخشب حديث الصنع وبأسفله ركب الإزار الخشب القديم المكتوب عليه من سور القرآن الكريم بالخط الكوفي المكبر .
أهم إصلاح أدخل على الجامع هو ذلك الذي قام به السلطان حسام الدين لاجين سنة 696 هجرية / 1296 / 97 م فقد أنشأ القبة المقامة وسط الصحن عوضاً عن القبة التي شيدها الخليفة الفاطمي العزيز بالله سنة 385 هجرية / 995 م والتي كان قد أقامها بدلاً من القبة الأصلية التي احترقت سنة 376 هجرية / 986 م .
في القرن الثاني عشر الهجري - الثامن عشر الميلادي - كان هذا الجامع يستعمل كمصنع للأحزمة الصوفية ، كما استعمل في منتصف القرن الثامن عشر ملجأ للعجزة .
ثم أتت لجنة حفظ الآثار العربية سنة 1882 م وأخذت في إصلاحه وترميمه ، إلى أن كانت سنة 1918 م حين أمر الملك فؤاد الأول بإعداد مشروع لإصلاحه إصلاحاً شاملاً وتخلية ما حوله من الأبنية ، راصداً لذلك أربعين ألف جنيه أنفقت في تقويم ما تداعى من بنائه وتجديد السقف وترميم زخارفه إلى أن أعيد ترميمه وافتتاحه في عام 2005 كواحد من 38 مسجداً تم ترميمها ضمن مشروع القاهرة التاريخية ، وقد أعلنت وزارة الثقافة أن إعادة ترميم الجامع تجاوزت تكلفتها 12 مليون جنيه .
ففي الثاني عشر من شهر رمضان 265 هـ / 879 م أتم أحمد بن طولون بناء المسجد والذي بدأ العمل فيه عام 263 هـ / 876 م ، وأنفق أحمد بن طولون 120 ألف دينار في بنائه ، وقد اهتم بالأمور الهندسية فيه ، وتعتبر مئذنته أقدم مئذنة موجودة في مصر .
أنشأ أحمد المسجد الجامع وإن كان ثالث الجوامع التي أنشئت بمصر ، إلا أنه يعتبر أقدم جامع احتفظ بتخطيطه وكثير من تفاصيله المعمارية الأصلية ، حيث إن أول هذه الجوامع هو جامع عمرو الذي بنى سنة 21 هجرية / 642 م ولم يبق أثر من بنائه القديم ، كما أن ثانيهما هو جامع العسكر الذي بنى في سنة 169 هجرية / 785 م قد زال مع انتهاء العسكر .
أتم أحمد بن طولون بناء قصره عند سفح المقطم وأنشأ الميدان أمامه ، وبعد أن انتهى من تأسيس مدينة القطائع شيد جامعه على جبل يشكر فبدأ في بنائه سنة 263 هجرية وأتمه في الثاني عشر من شهر رمضان 265 هـ / 879 م وهذا التاريخ مدون على لوح رخامى مثبت على أحد أكتاف رواق القبلة ، وأنفق أحمد بن طولون 120 ألف دينار في بنائه .
ويعد مسجد ابن طولون المسجد الوحيد بمصر الذي غلب عليه طراز سامراء حيث المئذنة الملوية المدرجة ، وقام السلطان بإدخال بعض الإصلاحات فيه وعين لذلك مجموعة من الصناع كما أمر بصناعة ساعة فيه ، فجعلت قبة فيها طيقان صغيرة على عدد ساعات الليل والنهار وفتحة ، فإذا مرت ساعة انغلقت الطاقة التي هي لتلك الساعة وهكذا ثم تعود كل مرة ثانية .
وفي عهد الأيوبيين أصبح جامع ابن طولون جامعة تدرس فيه المذاهب الفقهية الأربعة ، وكذلك الحديث والطب إلى جانب تعليم الأيتام .
وتمت الإصلاحات في هذا الجامع عدة مرات كما امتدت إليه يد التدمير والخراب في فترات من عصوره المختلفة ، شأنه في ذلك شأن كثير من المساجد الأخرى .
ويبلغ طول الجامع 138 متراً وعرضه 118 متراً تقريباً يحيط به من ثلاث جهات - البحرية والغربية والقبلية - ثلاث زيادات عرض كل منها 19 متراً ويكون الجامع مع هذه الزيادات مربعاً طول ضلعه 162 متراً على وجه التقريب من صحن مكشوف مربع طول ضلعه 92 متراً يتوسطه قبة محمولة على رقبة مثمنة ترتكز على قاعدة مربعة بها أربع فتحات معقودة وبوسطها حوض للوضوء ويوجد سلم داخل سمك حائطها البحرية يصعد منه إلى منسوب الرقبة .
ويحيط بالصحن أربعة أروقة أكبرها رواق القبلة ويشتمل على خمسة صفوف من العقود المدببة المحمولة على أكتاف مستطيلة القطاع استديرت أركانها على شكل أعمدة ملتصقة ويشمل كل من الأروقة الثلاثة الأخرى على صفين فقط .
ويغطى الأروقة الأربعة سقف من الخشب حديث الصنع وبأسفله ركب الإزار الخشب القديم المكتوب عليه من سور القرآن الكريم بالخط الكوفي المكبر .
أهم إصلاح أدخل على الجامع هو ذلك الذي قام به السلطان حسام الدين لاجين سنة 696 هجرية / 1296 / 97 م فقد أنشأ القبة المقامة وسط الصحن عوضاً عن القبة التي شيدها الخليفة الفاطمي العزيز بالله سنة 385 هجرية / 995 م والتي كان قد أقامها بدلاً من القبة الأصلية التي احترقت سنة 376 هجرية / 986 م .
في القرن الثاني عشر الهجري - الثامن عشر الميلادي - كان هذا الجامع يستعمل كمصنع للأحزمة الصوفية ، كما استعمل في منتصف القرن الثامن عشر ملجأ للعجزة .
ثم أتت لجنة حفظ الآثار العربية سنة 1882 م وأخذت في إصلاحه وترميمه ، إلى أن كانت سنة 1918 م حين أمر الملك فؤاد الأول بإعداد مشروع لإصلاحه إصلاحاً شاملاً وتخلية ما حوله من الأبنية ، راصداً لذلك أربعين ألف جنيه أنفقت في تقويم ما تداعى من بنائه وتجديد السقف وترميم زخارفه إلى أن أعيد ترميمه وافتتاحه في عام 2005 كواحد من 38 مسجداً تم ترميمها ضمن مشروع القاهرة التاريخية ، وقد أعلنت وزارة الثقافة أن إعادة ترميم الجامع تجاوزت تكلفتها 12 مليون جنيه .
ففي الثاني عشر من شهر رمضان 265 هـ / 879 م أتم أحمد بن طولون بناء المسجد والذي بدأ العمل فيه عام 263 هـ / 876 م ، وأنفق أحمد بن طولون 120 ألف دينار في بنائه ، وقد اهتم بالأمور الهندسية فيه ، وتعتبر مئذنته أقدم مئذنة موجودة في مصر .