أمرت النيابة العامة بتوقيف الدكتور محمد بديع، المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، والمهندس خيرت الشاطر، النائب الأول لمرشد الجماعة، لاتهامهما بالتحريض على قتل المتظاهرين.
وأثبتت التحريات وتحقيقات النيابة، أن المتهمين هما من كلفا أكثر من 250 شخصاً من أعضاء الجماعة بالتواجد أعلى مبنى مكتب الإرشاد بالمقطم يوم 30 يونيو/حزيران، وأمدوهم بالأسلحة النارية والخرطوش والقناصة وأمروهم بقتل أي شخص يقترب من مقر الجماعة، أو يحاول الدخول من المتظاهرين، وفق ما نشرته صحيفة "اليوم السابع" المصرية.
وكشفت تحقيقات رئيس نيابة حوادث جنوب القاهرة إسماعيل حفيظ مع قناص الإخوان، الذي تم إلقاء القبض عليه من قبل المتظاهرين في أحداث اشتباكات مكتب إرشاد جماعة الإخوان المسلمين بالمقطم، وأنه كان يوجد 250 شخصاً أعلى مبنى الإرشاد يحملون البنادق الخرطوش والآلي، وأنهم قاموا بتوصيل الكهرباء بسور مبنى الإرشاد، كما كشف التحقيقات أنهم قاموا بتجهيز عدد من خراطيم المياه لمواجهة أي نيران تلقى على مبنى الإرشاد وللمساعدة في إطفائها في الحال، وعقب نفاد الذخيرة من معظم الموجودين بالمقر قاموا بالهروب من الأبواب الخلفية لمبنى الإرشاد.